蛋白质是生命活动的直接执行者，其结构与功能高度依赖于氨基酸序列的精准表达。蛋白质测序（Protein Sequencing）技术作为连接基因组学与表型研究的重要桥梁，正在推动我们对生命系统的理解不断深入。蛋白质测序以高分辨率质谱为核心，通过对多肽片段的碎裂谱图分析，实现蛋白的全面定性与定量，并可同步识别翻译后修饰（PTMs）。但与此同时，该技术也面临复杂样本处理、数据解释及灵敏度等多重挑战。

一、蛋白质测序的技术路径与流程

1、核心步骤

（1）样本提取与蛋白定量：从细胞、组织或生物流体中提取总蛋白。

（2）还原、烷基化与酶切：用DTT、IAA等试剂处理蛋白后，进行胰蛋白酶等酶解。

（3）液相色谱分离（LC）：将肽段进行梯度分离，减少质谱分析的复杂性。

（4）质谱检测（LC-MS/MS）：通过MS1筛选母离子，MS2获取碎裂离子谱图，用于序列还原与修饰识别。

（5）生信分析与数据库比对：使用MaxQuant、PEAKS等平台进行肽段鉴定与蛋白推断。

2、测序策略

（1）Label-Free：不引入外源标记，适合高通量筛查。

（2）TMT/iTRAQ：等量标记多通道样本，适用于多条件定量比较。

（3）SILAC：在细胞培养中进行同位素标记，标记效率高、内源一致性好。

二、蛋白质测序的核心优势

1、多维信息整合能力

不仅能识别蛋白种类，还可同步解析：蛋白丰度变化、翻译后修饰（如磷酸化、乙酰化等）、突变与剪接异构体

2、高通量与系统性

一次上机可检测数千种蛋白，为疾病研究、药物机制解析和生物标志物发现提供大规模数据支持。

3、非依赖于核酸信息

可用于无参考基因组或高度变异物种中，尤其适合抗体开发、微生物研究等特定应用场景。

三、蛋白质测序的局限与挑战

1、序列覆盖率不足

大分子或疏水蛋白质易因酶切效率低、肽段难解析而导致覆盖率下降，影响整体识别质量。

2、修饰位点识别难度高

某些PTMs（如糖基化、泛素化）因质量微小、碎裂模式复杂，常存在定位偏差或遗漏风险。

3、数据处理复杂

高通量质谱产生的大量碎片谱图对算法精度、生信能力和人工校正提出较高要求。

4、对样本质量依赖大

蛋白提取、浓度稳定性、酶解完整性等均影响测序效果，尤其在临床样本或组织样本中更为明显。

四、百泰派克生物科技蛋白质测序服务亮点

百泰派克生物科技整合质谱平台、生物信息学与多组学能力，提供高质量、高通量的蛋白质测序解决方案：

• 高分辨质谱平台（如Orbitrap Exploris、Fusion Lumos）支持复杂样本精确定性与定量
• 自动化前处理平台，提升样本一致性与重现性
• 修饰富集模块支持PTM（磷酸化、乙酰化等）靶向检测
• 多策略数据分析服务，支持数据库匹配与de novo双重识别
• 可与转录组、代谢组、化学蛋白组学联动，形成功能组学闭环

蛋白质测序技术以其强大的功能信息解析能力，为现代生物医学与药物开发打开全新路径。但要实现其最大价值，仍需对技术细节、样本条件与数据分析保持科学认知。百泰派克生物科技致力于为科研与产业客户提供全面、专业的蛋白质测序解决方案，帮助您在复杂的生物系统中获取精准、可转化的蛋白信息。欢迎联系百泰派克生物科技，获取专属测序策略与服务方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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